2026년 1월차 특허 판례 요약

【특허 조세】
1. 한국법인이 외국법인에 지급하는 국내 미등록 특허권의 사용료가 국내원천소득에 해당되는지 여부 – 대법원 2025. 12. 4. 선고 2021두60298 판결 【법인(원천)세경정거부처분 취소청구】

【사건의 개요】
본 사건은, 한국법인인 B사가 미국법인인 A사(원고)의 국내·외에 등록된 20개의 특허권(이하 이 중 국내에 등록된 1개를 제외한 ‘국내 미등록 특허권’ 19개를 ‘이 사건 특허권’이라고 함)에 대한 라이선스의 2017 사업연도분 사용료로 미국법인인 A사(원고)에게 미화 295만 달러를 지급하고, 기흥세무서장(피고)에게 이에 대한 원천징수분 법인세를 납부하였는데, 미국법인인 A사(원고)가 위 사용료 중 이 사건 특허권에 대한 사용대가 부분(이하 ‘이 사건 사용료’라고 함)의 환급을 구하는, 경정청구에 대한 기흥세무서장(피고)의 거부처분에 대하여, 그 취소를 구하는 사건이다.

원심법원(수원고등법원)은 미국법인인 A사(원고)의 청구를 인용하였으나, 대법원은 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원(수원고등법원)에 환송하는 판결을 하였다.

대법원은,
『한미조세협약은 구 법인세법 제93조 제8호에서 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당한다. 한미조세협약에 따른 ‘사용지’를 확정하려면 먼저 ‘사용’의 의미를 명확히 할 필요가 있다. 그런데 한미조세협약은 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않다. 그러므로 한미조세협약 제2조 제2항 전문에 따라 ‘사용’의 의미는 조세가 결정되는 체약국인 우리나라의 법에 따라 해석하여야 한다. 이와 관련하여 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 국내 미등록 특허권이 국내 제조 · 판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다고 규정한다. 여기서 ‘사용’은 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 제조방법 · 기술 · 정보 등(이하 ‘특허기술’이라고 한다)을 사용한다는 의미로 보아야 한다. 따라서 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다(대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결 참조).』라는 대법원 전원합의체 판결의 법리를 설시하면서,

이 사건 사용료가 이 사건 특허권의 대상인 특허기술을 국내에서의 제조 · 판매 등에 사실상 사용하는 데에 대한 대가인 경우, 이는 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호, 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따라 국내 사용에 대한 사용료로서 국내원천소득에 해당함에도, 원심은, 이 사건 사용료가 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로, 그 특허기술이 국내에서의 제조 · 판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 아니한 채 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단한, 원심의 판단에는 한미조세협약상 국내 미등록 특허권에 대한 사용료의 국내원천소득 해당 여부에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다고 판단하여,

원심판결을 파기하고, 사건을 원심법원(수원고등법원)에 환송한다고 판결하였다.

【판결의 의의】
본 판결은, 최근의 대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결에 이어서, 위 대법원 전원합의체 판결의 법리를 따르는 또 하나의 대법원 판결로서, 해당 특허기술이 국내에서의 제조 · 판매 등에 사실상 사용된 경우 한국법인이 외국법인에 지급하는 ‘국내 미등록 특허권’에 관한 사용료에 대한 대한민국 국세청의 과세 처분이 정당함을 재차 확인하였다는 점에서 의의가 있다. 

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