대표이사 특허의 회사 양도시 세금 문제 고찰
대표이사가 회사 재직 중에 한 발명을 본인 명의로 출원해 취득한 특허를 회사에 양도하면서 그 대가를 받거나 가지급금으로 상계 처리하거나 그 특허권에 대해 대표이사가 회사에 실시권을 설정해 로열티를 지급받는 경우가 있다. 그런데 최근 국세청에서 이와 같이 등록된 특허를 직무발명으로 보고 위 거래가 부당행위계산(국세기본법 제14조, 법인세법 제52조, 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조)에 해당해 근로소득(소득세법 제20조제1항제5호) 또는 증여(상속세 및 증여세법 제45조의5)로 처리해야 된다고 하여 회사와 대표이사에게 과세하는 경우가 많아지고 있다. 이하에서는 이와 관련된 심판례를 검토하고, 회사나 대표이사가 유의해야 할 점에 대해 살펴본다.
앞서 언급한 바와 같이, 대표이사의 발명이 직무발명인 경우에 문제가 된다. 따라서 대표이사의 발명이 직무발명에 해당하는 경우와 직무발명에 해당하지 않는 경우를 나눠서 검토해볼 필요가 있다. 직무발명에 해당하지 않는 경우는 업무발명과 자유발명이 해당된다. 먼저, 직무발명, 업무발명, 및 자유발명의 개념은 아래와 같이 구분된다.
1. 직무발명·업무발명·자유발명의 구분
NO | 발명유형 | 정의 | 사용자의 업무범위 | 종업원의 현재·과거 직무 | 관련규정 |
1 | 직무발명 | 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원 등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자 등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명 | O | O | 발명진흥법 제2조제2호 |
2 | 업무발명 | · 종원업 등이 한 발명이 종업원 등의 직무와는 무관하나 사용자 등의 업무 범위에 속하는 발명 · 직무발명이 아니므로 종업원이 임의로 처분 가능 |
O | X | 발명진흥법 제10조제3항 |
3 | 자유발명 | · 종업원 등이 한 발명이 사용자 등의 업무 범위에도 속하지 아니하고 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 직무와도 관련이 없는 발명 · 직무발명이 아니므로 종업원이 임의로 처분 가능 |
X | X | 발명진흥법 제10조제3항 |
2. 과세 처분시 직무발명에 해당되지 않음의 입증 주체
과세 처분이 이루어져 해당 과세 처분이 부당함을 다투면서 직무발명에 해당하지 아니함을 주장하는 경우, 직무발명에 해당하지 않다는 입증 책임은 이를 다투는 청구인에게 있다. 이와 관련되어 2014.08.20에 선고된 대법원 2012 구 23341 판결이 있다. 이 판결에 따르면 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명 책임은 과세 관청에게 있으므로 과세 표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금(법인이 번 것으로 보는 돈)과 손금(법인이 쓴 것으로 보는 돈)에 대한 증명 책임도 원칙적으로 과세 관청에게 있다. 그러나 납세 의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세 관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우, 증명의 쉽고 어려움 또는 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세 의무자에게 있다.
3. 직무발명·업무발명·자유발명 구분에 따른 대표이사 발명의 세법 적용
대표이사의 발명은 직무발명, 업무발명, 자유발명인지 여부에 따라 근로소득 또는 기타소득으로 간주되어 세금이 적용된다. 심판례에 따르면 회사의 불승계 등으로 대표이사 개인에게 귀속되는 형태의 외형을 만들어도 실질 과세의 원칙상 모두 직무발명 보상금으로 처리해 과세하는 것으로 보인다. 기타소득은 소득세법 제21조제1항제7호에 규정되어 있다.
NO | 발명유형 | 사전예약승계규정 존재 여부 | 대표이사 발명의 사용자 승계 관련 | 수익에 따른 대표이사 발명에 대한 세법 적용 |
1 |
직무발명 |
有 | 사용자가 승계 의사 통지 | 직무발명보상금 (재직시 근로소득, 퇴직시 기타소득) |
사용자가 불승계 의사 통지 | 직무발명보상금 (재직시 근로소득, 퇴직시 기타소득) ※ 발명진흥법상 종업원 등에게 직무발명의 권리가 귀속되나, 세법에서는 국세기본법 제14조(실질과세)의 원칙상 직무발명을 대표이사 개인명의로 귀속되도록 외관을 형성한 후에 대표이사가 해당 권리를 회사에게 양도 등을 하고 대가를 받는 경우를 대표이사가 그 권한이나 지위를 이용하여 세금 회피나 경감의 의도를 가지고 한 행위로 보아 일반적인 직무발명과 동일하게 취급하는 것으로 보임 |
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사용자가 승계 의사 미통지 | ||||
無 | 종업원의 양도 의사 無 | |||
종업원의 양도 의사 有 | 직무발명보상금 (재직시 근로소득, 퇴직시 기타소득) | |||
2 | 업무발명 | N/A | N/A | 기타소득 |
3 | 자유발명 | N/A | N/A | 기타소득 |
4. 관련 심판례
NO | 유형 | 심판례 내용 요약 | 조세심판원 심판례 |
1 | 직무발명으로 판단한 사례 |
· 대표이사가 쟁점특허를 발명하였다는 증빙으로 제출한 연구노트가 단순 조립도 스케치 정도만 확인되고 기록된 내용도 적거나, 쟁점특허의 결과물에 대한 요약내용으로 쟁점특허의 내용을 구체적으로 실현하는 과정에서 실험이나 시제품 제작, 단계별 기록 등을 확인할 수 없거나, 또는 특허출원서의 내용과 거의 유사하게 작성되어, 실제 쟁점특허를 개발하면서 대표이사가 직접 작성한 연구노트가 맞는지 신뢰하기 어렵고, 제출된 연구노트만으로는 대표이사가 발명에 이르기까지 개발과정에 참여한 내용이 확인되지 않음 |
22.05.04.자 2021부5879 결정 |
2 | 업무발명·자유발명으로 판단한 사례 |
· 대표이사가 쟁점특허를 발명할 수 있는 전문지식을 갖추고 있는 것으로 보임 |
22.04.06.자 2021중5853 결정 |
5. 시사점
전술한 심판례들을 참고시, 조세심판원은 서두에서 언급한 대표이사의 행위를 세금을 회피 또는 경감시킬 의도를 가진 행위 또는 대표이사에게 부당하게 법인자금을 유출하기 위한 행위로 판단하는 것으로 보인다. 이는 대표이사가 그 권한이나 지위를 이용하여 실질적으로는 회사의 직무발명에 해당함에도 대표이사 명의로 특허를 등록했기 때문이다.
따라서 대표이사의 발명이 회사의 직무발명에 해당하는 경우로 판단되면 직무발명의 처리에 관한 규정에 부합하게 세금을 신고 및 납부하는 것이 바람직할 것으로 보인다.
단, 대표이사의 발명이 회사의 직무발명이 아닌 자유발명 또는 업무발명임을 주장하여 심판이나 소송에서 부당한 판단을 받지 않기 위해서 아래의 조치가 가능할 수 있다.
(1) 회사의 공적 서류 등에 대표이사의 직무 범위를 발명의 개발 업무가 아님을 명확하게 규정
(2) 대표이사가 현재 또는 과거에 회사 연구소에 소속되어 근무한 이력이 없도록 함
(3) 대표이사가 해당 발명을 개발할 수 있는 전문 지식이나 능력을 갖추었음을 증명할 수 있는 자료들을 확보
(4) 대표이사가 연구노트에 발명을 개발하는 과정을 개발 단계에 따라 구체적으로 기록하고, 타임스탬프 등을 통해 해당 연구노트의 작성시점을 기록해 연구노트의 신빙성 확보
(5) 대표이사의 발명 과정에서 회사 설비나 연구 시설 등의 사용 없이 독자적으로 발명을 구체화했고, 대표이사가 관련 비용을 직접 지급하고 그 지출내역 증빙서류를 확보
(6) 특허출원 및 등록 과정에서 대표이사가 변리사와 직접 연락하여 의사 소통
(7) 대표이사가 특허출원 및 등록 비용을 개인적으로 지급하고 그 지출 내역의 증빙 서류를 확보
(8) 대표이사의 발명이 회사의 업무범위와 전혀 무관함을 확인할 수 있는 자료를 확보
참고자료:
1. 직무발명 등과 관련된 법인의 개인 명의 출원의 문제
2. 도해로 쉽게 보는 직무발명제도의 기본 원리

유미법률사무소의 대표변호사로서, 2007년 변리사시험에 합격한 후 변리사로서 지식재산권 전반에 대한 다양한 업무를 수행하여 절차적, 실체적인 내용을 깊이 있게 이해하고 있으며, 2015년 변호사 시험에 합격한 이후 변호사로서 지식재산권 분야의 다양한 소송을 수행하면서 그 전문성을 인정받아 대한변호사협회에 지식재산권 전문변호사로 등록되어 있습니다. YOUME IP 블로그의 지식재산 관련 소송 및 판례를 통해 IP 업무에 유용한 인사이트를 제공해 드리겠습니다.